根据国税发[1998]155号：二`下列收不属于免税的福利费范围，应当并入纳税人的工资`薪金收入计征个人所得税：
（一）从超出国家规定的比例或基数计提的福利费`工会经费中支付给个人的各种补贴`补助；
（二）从福利费和工会经费中支付给本单位职工的人人有份的补贴`补助；
所以我认为，虽然工会独立核算，但是仍然属于公司的一部分，应该由公司为员工代扣代缴个人所得税，合并计入工资薪金。