江老师回复如下：
企业您好，根据国税发【1995】192号文第一条第（三）款规定：购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。此处所支付款项单位即实际收款单位。问题所述情况正属于收款方与实际开票方不一致的情况，因此存在抵扣风险。
根据我们的经验，建议企业与收款方签订一个三方协议，明确说明：收款方的总公司是为分公司代收款，后再将款项付给分公司。以此降低可能带来的抵扣风险。
供您参考，谢谢！