企业您好，陈建老师答复如下：

您好！根据描述，此问题概括如下：
境外客户已经支付全额货款，配件运抵境外目的地后，发现有质量问题，境外客户提出少支付有质量问题配件的货款，因此境内企业需向境外客户支付赔偿款。

解答：
如货物已经没有退运价值，从企业成本负担角度考度，可选择第一个方案，如此，此问题将不再属于退运问题，不再适用退运流程，可参照（国税总局2013年30号公告）附件3的第二点，“因出口商品质量原因的，提供进口商的有关函件和进口国商检机构的证明；由于客观原因无法提供进口国商检机构证明的，提供进口商的检验报告、相关证明材料和出口单位书面保证函。”按照视同收汇处理，出口退税不受影响。
企业所述跨境支付赔偿款属于贸易项下的支付，无代扣代缴所得税的问题，依据：《国家外汇管理局 国家税务总局关于服务贸易等项目对外支付提交税务证明有关问题的通知》汇发[2008]64号， 四、境内机构或个人对外支付下列项目，无须办理和提交《税务证明》： ……（三）境内机构发生在境外的进出口贸易佣金、保险费、赔偿款。

陈建