因为这类发票一般是个人消费，所以很难界定是否是“与取得收入有关的，合理的支出”，所以所得税前扣除有争议。
我建议你公司完善管理制度，在制度中明确为公司发生的公交车费用可以报销，并且提供起始地点，目的地，公交消费金额，然后累计到一定数额，再拿充值卡定额发票报销。