根据《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》第二十四条:第二十四条　凡多贴印花税票者，不得申请退税或者抵用。
你公司将权利义务转让给子公司，相当于你们终止了与房东的合同，然后子公司签订了与房东的合同，我认为可以分开签订，然后子公司与对方重新缴纳印花税。如果是三方合同，那么我觉得会有疑议，存在被税局要求三方都缴纳的可能性。