理论上开具折扣的发票应该为本批次出出库的货物的折扣金额，但是实操中贵公司上述提到的方法适用较普遍，根据国家税务总局关于印发《增值税若干具体问题的规定》的通知（国税发[1993]第154号）纳税人采取折扣方式销售货物，如果销售额和折扣额在同张发票上分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税；如果将折扣额另开发票，不论其在财务上如何处理，均不得从销售额中减除折扣额。