背景：

我司07年在深圳设立了无生产经营只能且非独立核算的二级分支机构，根据08年28号文和12年57号文的规定，该分支机构符合不就地分摊缴纳企业所得税的情况。但查询历史资料发现营改增之前该分支机构一直在地税网报零申报，营改增后被提示申报增值税零申报，由于财务人员在政策研究上的疏忽没有注意这块，就一直在做零申报。17年10月主管国税突然给分支机构加了企业所得税的税种。

问题：

1. 现在我们认为国税不应该给该分支机构核定增值税税种和企业所得税种，实操上是否可以重新提交总机构出具的证明材料让深圳国税取消这两个税种？

2. 我们在1月才发现这个问题，请问即使问题1是可以取消两个税种的情况下，我们是否也会被强制要求补报以前所有期间（2007年~2017年）的企业所得税申报（季度和汇算）？是否会涉及罚金？以及税局要求这样补报是否合理？