贵司和日本公司应该签署相关劳务合同，合同内容为日本人在中国具体提供的相关服务，以及相应的收费标准，劳务合同需要税务备案，超过5万美金还需要支付备案，同时在支付时需要代扣代缴增值税及附加和企业所得税；超过183天会被认定为常设机构，如果被认定为常设机构那么需要贵司需要按照国内税法规定代扣代缴这位日本人个税；合同签署时建议金额为含增值税和企业所得税金额，这样代扣代价的企业所得税可以计入成本税前列支；会计处理上按照合同金额（不含增值税）计入相应成本费用。