根据国家税务总局公告2011年第13号 纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。 根据财税【2016】36号附件二 （二）不征收增值税项目 5.在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为。 因此，个人建议，首先完成贵司和子公司之间的资产重组，贵司将下面的三家分公司的全部资产、负债、劳动力一并转移给子公司，这样的资产重组不涉及增值税，如果不符合上述规定那么需要按照公允价值缴纳增值税