根据《纳税信用等级评定管理试行办法》 第二条　本办法适用于依照税收法律、行政法规的规定，应当办理税务登记的各类纳税人。所以民办非企业单位是否办理了税务登记，如果是就适用纳税信用评级管理，更正申报后属于“未按规定期限纳税申报每税种每次扣5分”，就看扣分情况决定企业的纳税信用等级