公司聘请了一些外部承包商来我公司进行项目建设或服务，双方约定外部供应商施工期间使用的能源（如电费），需要在项目结束后作为能源消耗费用从施工费用中进行扣减。电费本身由我司与供电局全额结算了。

那么需要供应商承担的能耗费用应如何扣减？是直接扣除电费后按照余额开具服务发票？还是需要我们公司开具电费发票向供应商收取费用。

如果是直接扣除电费后按照余额开具服务发票，服务发票一般是6%税率，而电费发票是13%，差额部分是否需要做进项税额转出？